Perlojos bažnyčios statybos prasidėjo 1928 m., o jau 1930 m. spalio 4 d. naujai pastatytą bažnyčią iškilmingai pašventino Kaišiadorių vyskupas. Mūrinė, vienabokštė Perlojos bažnyčia, suprojektuota vėluojančiu neoromaniniu stiliumi. Plytas bažnyčios statybai pagamino patys parapijiečiai, tačiau ne vienai šeimai teko gerokai susiveržti diržus, kad surinktų rekiamą sumą statyboms: nuo vieno valako reikėjo paaukoti 1200 litų. O 1943 m. išskirtinį bažnyčios vidaus dekorą sukūrė žymus Varšuvos meno akademijos profesorius Jurgis Hopenas. Bažnyčia dekoruota ne tik itin aukšto meninio lygio sienų tapyba, bet joje gausu ir valstybinių bei patriotinių akcentų – atraminėse skliauto arkų viršūnėse Lietuvos heraldika: Gediminaičių stulpai, Jogailaičių kryžius, Vytis.

Perlojos bažnyčios šventoriuje palaidotas Aleksandras Barauskas (1899-1940) – pasienio policijos Alytaus baro antros sargybos viršininkas, pirmoji bolševikų sovietinės okupacijos auka, kurį nužudė rusų kariai 1940 m. birželio 15 d. naktį Ūtos sargybos poste.